Distribution of restriction site distances (theoretical "fragment lengths") in the human genome

Procedure followed:
- Reference human genome sequence (build37, version 2) is processed.
- Sequence repeat elements are mapped according to NCBI's masking data.
- Gene coordinates and annotations are taken from NCBI's gbk files.
- Unresolved segments are removed, 2.85 billion bases in 289 continuous scaffolds are analyzed.
- Restriction enzyme sites are located, distances between consecutive sites ("fragment lengths") are tabulated.
- Mean and standard deviation of distances, average number of sites per megabase of sequence are calculated.
- Distribution of site distances plotted for the 1-350 bp range with base resolution (click "details").
- Distribution of distances binnned with standard_deviation/50 resolution plotted (click "details").
- Peaks in these distributons (exceptionally frequent fragment lengths) are identified, and associated with repeat elements.
- Longest uncut segments are listed for each specificity.
- Repeat content and gene content of longest uncut segments are tabulated.

EnzymeSpecificity Sites per
megabase		 Distance mean, standard   
deviation (in bases)		 Distributions
AclI AACGTT 56.7   17647  (18473)  details
LlaCI AAGCTT 292.6   3417  (3640)  details
Mae7806I AAGGAG 803.3   1244  (1373)  details
SspI AATATT 819.7   1219  (1781)  details
Tsp509I AATT 7498.7   133  (181)  details
RlaII ACACAG 859.5   1163  (1251)  details
PciI ACATGT 369.9   2703  (3084)  details
AgeI ACCGGT 18.4   54298  (59099)  details
BspMI ACCTGC 477.4   2094  (2374)  details
SexAI ACCWGGT 103.1   9696  (10446)  details
MluI ACGCGT 7.3   137031  (192274)  details
TspGWI ACGGA 347.4   2878  (3333)  details
BceSIII ACGGC 242.1   4129  (5672)  details
MaeII ACGT 751.7   1330  (1440)  details
HpyCH4III ACNGT 2634.7   379  (392)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
BaeI ACNNNNGTAYC 91.1   10977  (11478)  details
BsaXI ACNNNNNCTCC 459.0   2178  (2468)  details
AflIII ACRYGT 512.7   1950  (2206)  details
SpeI ACTAGT 137.4   7277  (8275)  details
BsrI ACTGG 1985.0   503  (543)  details
BmrI ACTGGG 589.4   1696  (1898)  details
BglII AGATCT 269.3   3713  (3890)  details
AfeI AGCGCT 37.7   26506  (34587)  details
AluI AGCT 4477.1   223  (236)  details
StuI AGGCCT 279.7   3575  (4249)  details
ScaI AGTACT 188.5   5304  (5918)  details
ApyPI ATCGAC 33.2   30110  (31599)  details
ClaI ATCGAT 29.7   33626  (35270)  details
TspDTI ATGAA 3622.6   276  (337)  details
NsiI ATGCAT 322.3   3102  (3580)  details
AseI ATTAAT 508.6   1966  (2711)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
SwaI ATTTAAAT 78.8   12686  (16793)  details
OgrI CAACNAC 362.7   2756  (3162)  details
DraRI CAAGNAC 436.9   2289  (2385)  details
NhaXI CAAGRAG 373.2   2679  (2824)  details
CspCI CAANNNNNGTGG 150.1   6662  (6799)  details
TthHB27I CAARCA 1590.7   628  (674)  details
MunI CAATTG 191.1   5232  (5927)  details
BssSI CACGAG 135.5   7382  (8789)  details
BmgBIB CACGTC 94.1   10629  (12997)  details
DraIII CACNNNGTG 193.5   5168  (5767)  details
AleI CACNNNNGTG 186.7   5355  (6183)  details
TstI CACNNNNNNTCC 570.5   1752  (1985)  details
CcoMI CAGCAG 815.1   1226  (1561)  details
SbaI CAGCTG 375.4   2664  (3230)  details
AlwNI CAGNNNCTG 486.4   2055  (2447)  details
SdeAI CAGRAG 2271.7   440  (521)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
TspRI CASTG 3029.4   330  (361)  details
NdeI CATATG 313.5   3189  (3866)  details
NlaCI CATCAC 549.4   1820  (1944)  details
PlaDI CATCAG 576.0   1736  (1847)  details
RceI CATCGAC 10.2   98348  (106383)  details
NlaIII CATG 4785.6   208  (224)  details
DrdV CATGNAC 513.0   1949  (2210)  details
MslI CAYNNNNRTG 1130.0   884  (949)  details
BspNCI CCAGA 2499.4   400  (446)  details
CjeI CCANNNNNNGT 1799.1   555  (600)  details
XcmI CCANNNNNNNNNTGG 285.3   3504  (4010)  details
BstXI CCANNNNNNTGG 630.8   1585  (1952)  details
PflMI CCANNNNNTGG 340.6   2936  (3306)  details
McaCI CCATC 2130.2   469  (526)  details
NcoI CCATGG 262.6   3807  (4230)  details
CchIII CCCAAG 622.0   1607  (1836)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
BseYIB CCCAGC 1282.9   779  (1212)  details
FauI CCCGC 493.5   2026  (3707)  details
RpaBI CCCGCAG 32.3   30961  (55857)  details
XmaI CCCGGG 130.9   7637  (12676)  details
BscGI CCCGT 374.6   2669  (3657)  details
AciI CCGC 1436.2   696  (1292)  details
SenpCI CCGCGG 22.8   43860  (107870)  details
BsrBI CCGCTC 79.8   12526  (19735)  details
MspI CCGG 802.7   1245  (2198)  details
StyD4I CCNGG 4102.8   243  (390)  details
Hpy99IV CCNNGG 3564.0   280  (421)  details
BslIB CCNNNNNNNGG 2619.4   381  (551)  details
BtgI CCRYGG 405.0   2469  (3051)  details
NciI CCSGG 677.0   1477  (3121)  details
AvrII CCTAGG 206.5   4842  (5176)  details
MnlI CCTC 9514.9   105  (141)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
BbvCIB CCTCAGC 485.7   2058  (2797)  details
SdaI CCTGCAGG 26.9   37190  (53243)  details
Bpu10IB CCTNAGC 834.6   1198  (1496)  details
Bsu36I CCTNAGG 328.0   3048  (3496)  details
EcoNI CCTNNNNNAGG 268.5   3723  (4408)  details
HpyAV CCTTC 2403.1   416  (499)  details
PspGI CCWGG 3425.7   291  (431)  details
StyI CCWWGG 1079.6   926  (1055)  details
PspPRI CCYCAG 1822.8   548  (719)  details
SstE37I CGAAGAC 15.1   66159  (70539)  details
BcgI CGANNNNNNTGC 111.9   8933  (11966)  details
XorKI CGATCG 4.2   235598  (295546)  details
PspOMII CGCCCAR 140.4   7124  (11163)  details
PliMI CGCCGAC 4.2   238009  (432664)  details
TmaI CGCG 253.5   3944  (8713)  details
GauT27I CGCGCAGG 3.0   338220  (587467)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
EagI CGGCCG 31.0   32223  (67311)  details
RsrII CGGWCCG 3.3   304917  (506969)  details
RpaB5I CGRGGAC 42.3   23637  (37962)  details
BsiEI CGRYCG 47.1   21208  (41607)  details
BsiWI CGTACG 4.0   252613  (300468)  details
Esp3I CGTCTC 224.1   4462  (6371)  details
Hpy99I CGWCG 53.9   18542  (30957)  details
MspA1I CMGCKG 502.3   1990  (2663)  details
SgrAI CRCCGGYG 5.2   192930  (297350)  details
MaqI CRTTGAC 96.8   10331  (10900)  details
MthZI CTAG 2716.1   368  (389)  details
BspCNI CTCAG 3282.8   304  (357)  details
XhoI CTCGAG 41.9   23844  (28573)  details
TdeII CTCTTC 789.5   1266  (1391)  details
Eco57I CTGAAG 749.7   1333  (1412)  details
XveI CTGCAG 452.8   2208  (2696)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
BpmI CTGGAG 1011.4   988  (1140)  details
HpyHI CTNAG 4843.9   206  (222)  details
LlaGI CTNGAYG 433.6   2306  (2395)  details
SfeI CTRYAG 1209.3   826  (864)  details
AflII CTTAAG 223.9   4466  (4755)  details
BpuEI CTTGAG 678.0   1474  (1599)  details
SmlI CTYRAG 944.0   1059  (1112)  details
RpaB53I CWTCCAG 381.6   2620  (2846)  details
NspIII CYCGRG 349.1   2864  (4569)  details
PpiI GAACNNNNNCTC 86.3   11582  (12233)  details
AloI GAACNNNNNNTCC 85.0   11771  (12424)  details
NcuI GAAGA 3071.0   325  (371)  details
XmnI GAANNNNTTC 346.6   2884  (3093)  details
Mva1269I GAATGC 428.7   2332  (2479)  details
Van91II GAATTC 272.1   3674  (3884)  details
EsaSSI GACCAC 309.3   3232  (3570)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
TaqII GACCGA 44.9   22253  (26740)  details
NmeBI GACGC 195.9   5104  (7510)  details
ZraI GACGTC 24.4   41041  (50398)  details
Tth111I GACNNNGTC 245.7   4069  (5193)  details
PshAI GACNNNNGTC 93.6   10678  (11530)  details
AhdI GACNNNNNGTC 94.9   10542  (11087)  details
NgoAVIII GACNNNNNTGA 431.0   2319  (2390)  details
SdeOSI GACNNNNRTGA 197.0   5075  (5131)  details
R2.BspD6I GACTC 1359.0   735  (799)  details
SacI GAGCTC 208.0   4807  (5456)  details
MchCM4I GAGGAG 750.4   1332  (1797)  details
CjeNII GAGNNNNNGT 2187.8   457  (541)  details
PleI GAGTC 1359.0   735  (799)  details
HpyAIV GANTC 2999.2   333  (343)  details
- GASTC 1359.0   735  (799)  details
EcoRV GATATC 150.5   6644  (7674)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
Sth368I GATC 2490.9   401  (419)  details
MamI GATNNNNATC 155.4   6436  (6799)  details
TfiI GAWTC 1640.1   609  (635)  details
HaeIV GAYNNNNNRTC 476.6   2098  (2175)  details
R2.BsrDI GCAATG 494.1   2023  (2077)  details
Lsp1109I GCAGC 1816.9   550  (745)  details
BtsIB GCAGTG 1028.7   972  (1246)  details
BstAPI GCANNNNNTGC 284.8   3511  (3769)  details
SfaNI GCATC 1258.3   794  (870)  details
SphI GCATGC 190.7   5244  (5663)  details
NmeAIII GCCGAG 272.6   3668  (5946)  details
AspCNI GCCGC 313.6   3188  (6458)  details
NgoMIV GCCGGC 43.4   23039  (44459)  details
RspRSI GCCNNNNNGGC 183.2   5459  (7941)  details
AsiSI GCGATCGC 0.4   2676658  (2805325)  details
BtgZI GCGATG 62.2   16074  (19118)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
Hpy99III GCGC 578.6   1728  (3147)  details
McaTI GCGCGC 25.1   39882  (94447)  details
CdpI GCGGAG 161.4   6197  (9382)  details
NotI GCGGCCGC 3.3   302116  (600864)  details
SpoDI GCGGRAG 70.6   14154  (21809)  details
LlaDII GCNGC 2130.6   469  (681)  details
Cac8I GCNNGC 1887.9   529  (719)  details
MwoI GCNNNNNNNGC 2131.2   469  (642)  details
NgoFVII GCSGC 313.6   3188  (6458)  details
NheI GCTAGC 98.2   10180  (11291)  details
AmaCSI GCTCCA 471.2   2122  (2546)  details
SapI GCTCTTC 130.5   7664  (8282)  details
BlpI GCTNAGC 183.2   5459  (6564)  details
TseI GCWGC 1816.9   550  (745)  details
Bsp1286I GDGCHC 1678.4   595  (780)  details
CchII GGARGA 1724.9   579  (687)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
EacI GGATC 1171.4   853  (991)  details
OkrAI GGATCC 126.1   7927  (8692)  details
StsI GGATG 1792.0   558  (625)  details
SuaI GGCC 2918.3   342  (478)  details
HauI GGCCAAG 208.8   4788  (6098)  details
FseI GGCCGGCC 4.6   215446  (390072)  details
SfiI GGCCNNNNNGGCC 16.3   61440  (99839)  details
SfoI GGCGCC 80.0   12499  (19651)  details
AscI GGCGCGCC 1.6   640695  (1072205)  details
EciI GGCGGA 198.1   5047  (8085)  details
BloAORF92P GGCGGC 121.5   8231  (18398)  details
BspLU11III GGGAC 1328.7   752  (925)  details
PspOMI GGGCCC 159.8   6257  (10138)  details
AteTI GGGRAG 1416.8   705  (958)  details
R2.BssIMI GGGTC 1094.0   914  (1168)  details
TdeIII GGNCC 2198.6   454  (700)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
NlaIV GGNNCC 2466.6   405  (604)  details
KpnI GGTACC 100.1   9992  (10869)  details
Eco31I GGTCTC 576.0   1736  (2130)  details
NgoBVIII GGTGA 2060.4   485  (530)  details
BstEII GGTNACC 116.7   8568  (9416)  details
SinI GGWCC 932.9   1071  (1381)  details
HgiCI GGYRCC 539.1   1854  (2280)  details
Bme1580I GKGCMC 692.2   1444  (1899)  details
HgiGI GRCGYC 159.9   6254  (9605)  details
EcoT38I GRGCYC 814.4   1227  (1701)  details
RpaTI GRTGGAG 465.5   2148  (2589)  details
RsaI GTAC 1763.8   566  (606)  details
BstZ17I GTATAC 148.3   6743  (8247)  details
BciVI GTATCC 239.4   4177  (4407)  details
XamI GTCGAC 10.7   93276  (101295)  details
BsmAI GTCTC 2295.8   435  (534)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
ApaLI GTGCAC 171.4   5833  (6348)  details
BsgI GTGCAG 712.4   1403  (1600)  details
AccI GTMKAC 376.3   2657  (2820)  details
MjaIV GTNNAC 2166.8   461  (478)  details
Tsp45I GTSAC 1376.8   726  (804)  details
HpaI GTTAAC 135.3   7389  (8047)  details
PmeI GTTTAAAC 14.3   69773  (75434)  details
HindII GTYRAC 383.4   2608  (2748)  details
BsiHKAI GWGCWC 711.1   1406  (1600)  details
ApoI RAATTY 2174.0   459  (592)  details
NspI RCATGY 1074.5   930  (1020)  details
NmeDI RCCGGY 113.8   8789  (13646)  details
XhoII RGATCY 748.2   1336  (1393)  details
NgoBI RGCGCY 192.0   5209  (8358)  details
CviKI-1 RGCY 15480.8   64  (81)  details
EcoO109I RGGNCCY 811.1   1232  (1879)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
PpuMI RGGWCCY 376.9   2653  (3462)  details
DrdIV TACGAC 30.1   33258  (34457)  details
SnaBI TACGTA 44.5   22493  (25247)  details
BspHI TCATGA 338.5   2954  (3161)  details
Kpn2I TCCGGA 33.0   30266  (37714)  details
MmeI TCCRAC 444.8   2248  (2333)  details
TthHB8I TCGA 528.6   1891  (2087)  details
Sbo13I TCGCGA 5.0   198470  (255722)  details
HpyF17I TCNGA 2981.6   335  (362)  details
HpyNSH57II TCNNGA 3552.0   281  (298)  details
XbaI TCTAGA 279.3   3580  (3831)  details
BclI TGATCA 255.5   3913  (4075)  details
HpyCH4V TGCA 4993.6   200  (209)  details
FspI TGCGCA 30.6   32668  (40144)  details
MscI TGGCCA 453.2   2206  (2513)  details
BsrGI TGTACA 288.2   3469  (3899)  details
 
EnzymeSpecificity Sites per Mbp  Distance mean, std  Distributions
MseI TTAA 6656.2   150  (214)  details
PacI TTAATTAA 55.4   18038  (22316)  details
PsiI TTATAA 572.2   1747  (2462)  details
NspV TTCGAA 36.7   27232  (28088)  details
DraI TTTAAA 1189.6   840  (1133)  details
PspXI VCTCGAGB 20.4   49047  (62813)  details
BsaWI WCCGGW 96.5   10362  (12538)  details
BsaAI YACGTR 242.0   4131  (4481)  details
EcoHK31I YGGCCR 603.0   1658  (2054)  details