Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  BsrBI               Longest uncut segments
Specificity:  CCGCTC               Repeats in uncut segments
Number of sites:  228424               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  12526 base pairs
Standard deviation:  19735 base pairs
Site density 79.8 per megabase               Help


Distribution of closely spaced sites

Distribution of sites within 7 STD distance


Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   504746  chr15  NT_037852.6  1396111-1900857    1.19 % in   34 repeats    1.54 % in 1 genes
2   439514  chr6  NT_167244.1  2323846-2763360    4.43 % in   83 repeats    1.29 % in 1 genes
3   430279  chr4  NT_006316.16  12411266-12841545    41.90 % in   771 repeats    100.00 % in 1 genes
4   385077  chr9  NT_008470.19  34639918-35024995    58.61 % in   616 repeats    6.19 % in 2 genes
5   348682  chrY  NT_011875.12  8386592-8735274    82.23 % in   101 repeats    0.23 % in 1 genes
6   313859  chr6  NT_167244.1  444785-758644    19.55 % in   185 repeats    4.71 % in 9 genes
7   298195  chr1  NT_004487.19  39570821-39869016    52.56 % in   445 repeats    0.21 % in 1 genes
8   292365  chr6  NT_025741.15  3010898-3303263    41.67 % in   410 repeats    0.00 % in 0 genes
9   291507  chr6  NT_007299.13  4238278-4529785    49.66 % in   476 repeats    0.00 % in 0 genes
10   286865  chr10  NT_030059.13  8250600-8537465    54.96 % in   471 repeats    0.00 % in 0 genes
11   286197  chr13  NT_024524.14  37138870-37425067    54.81 % in   471 repeats    0.00 % in 0 genes
12   285337  chr6  NT_167248.1  473114-758451    23.74 % in   180 repeats    0.00 % in 0 genes
13   285136  chr4  NT_016354.19  29083840-29368976    59.94 % in   438 repeats    0.00 % in 0 genes
14   283677  chr2  NT_005403.17  38299308-38582985    37.64 % in   424 repeats    0.00 % in 0 genes
15   282598  chr2  NT_005403.17  44046858-44329456    54.88 % in   407 repeats    0.00 % in 0 genes
16   282033  chrY  NT_011875.12  3919423-4201456    58.91 % in   404 repeats    0.00 % in 0 genes


Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
504746  chr15  NT_037852.6  1396111-1900857    34  22       AT_rich (5)  (TA)n (3)  L2a (3) 
439514  chr6  NT_167244.1  2323846-2763360    83  41       AluSx (8)  AluJb (7)  AluJo (6) 
430279  chr4  NT_006316.16  12411266-12841545    771  187       MIRb (70)  MIR (64)  AT_rich (47) 
385077  chr9  NT_008470.19  34639918-35024995    616  192       AT_rich (61)  (TA)n (20)  MIR (16) 
348682  chrY  NT_011875.12  8386592-8735274    101  45       LTR12B (17)  L1PA16 (7)  L1ME3A (6) 
313859  chr6  NT_167244.1  444785-758644    185  89       AT_rich (18)  L1PA7 (6)  L1MEf (6) 
298195  chr1  NT_004487.19  39570821-39869016    445  172       AT_rich (59)  (TA)n (16)  L2c (12) 
292365  chr6  NT_025741.15  3010898-3303263    410  143       AT_rich (35)  MIRb (23)  L2a (17) 
291507  chr6  NT_007299.13  4238278-4529785    476  160       AT_rich (67)  MIRb (20)  MIR (17) 
10  286865  chr10  NT_030059.13  8250600-8537465    471  171       AT_rich (53)  L2a (17)  MIR (14) 
11  286197  chr13  NT_024524.14  37138870-37425067    471  171       AT_rich (65)  MIR (21)  AluSx (16) 
12  285337  chr6  NT_167248.1  473114-758451    180  100       AT_rich (19)  MIR (6)  L1MEf (5) 
13  285136  chr4  NT_016354.19  29083840-29368976    438  146       AT_rich (49)  MIR (18)  L1MA4 (13) 
14  283677  chr2  NT_005403.17  38299308-38582985    424  146       AT_rich (55)  MIRb (20)  L2a (15) 
15  282598  chr2  NT_005403.17  44046858-44329456    407  161       AT_rich (55)  (TA)n (16)  MIR (10) 
16  282033  chrY  NT_011875.12  3919423-4201456    404  150       AT_rich (27)  AluJo (24)  AluSx (19) 


Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
1   504746       chr15  NT_037852.6  1396111-1900857    LOC100418897 
2   439514       chr6  NT_167244.1  2323846-2763360    HCG22  HLA_complex_group_22
3   430279       chr4  NT_006316.16  12411266-12841545    NCRNA00099  non-protein_coding_RNA_99
4   385077       chr9  NT_008470.19  34639918-35024995    LOC100421294 
CYLC2  cylicin-2
5   348682       chrY  NT_011875.12  8386592-8735274    ZNF884P 
6   313859       chr6  NT_167244.1  444785-758644    OR2J2  olfactory_receptor_2J2
OR2U2P 
OR2B4P 
OR14J1  olfactory_receptor_14J1
OR11A1  olfactory_receptor_11A1
OR10C1  olfactory_receptor_10C1
OR2H1  olfactory_receptor_2H1
MAS1LP1 
MAS1L  mas-related_G-protein_coupled_receptor_MRG
7   298195       chr1  NT_004487.19  39570821-39869016    LOC100421343 



Posfai@neb.com
May 11, 2011