Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  CchII               Longest uncut segments
Specificity:  GGARGA               Repeats in uncut segments
Number of sites:  4935563               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  579 base pairs
Standard deviation:  687 base pairs
Site density1724.9 per megabase               Help

Distribution of closely spaced sites
Distribution of sites within 7 STD distance

 Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   487066  chr15  NT_037852.6  1398804-1885870    0.01 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
2   401952  chr6  NT_167244.1  2359393-2761345    0.08 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
3   209354  chr6  NT_167244.1  4389012-4598366    0.68 % in   7 repeats    0.00 % in 0 genes
4   181114  chr6  NT_167244.1  3789527-3970641    0.17 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
5   175722  chr6  NT_167244.1  3180285-3356007    0.18 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
6   174249  chr6  NT_167247.1  4422003-4596252    0.99 % in   6 repeats    100.00 % in 1 genes
7   165425  chr6  NT_167249.1  2137623-2303048    0.26 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
8   159645  chr6  NT_167248.1  521884-681529    0.21 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
9   151120  chr9  NT_008470.19  21693312-21844432    0.04 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
10   143260  chr6  NT_167244.1  2894521-3037781    0.27 % in   4 repeats    0.00 % in 0 genes
11   117623  chr6  NT_167245.1  2606157-2723780    0.11 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
12   114782  chr6  NT_167247.1  1177598-1292380    0.06 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
13   114583  chr6  NT_167246.1  3261135-3375718    0.41 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
14   110187  chr6  NT_167245.1  136808-246995    2.04 % in   4 repeats    0.00 % in 0 genes
15   106555  chr6  NT_167244.1  1450958-1557513    1.61 % in   5 repeats    0.00 % in 0 genes
16   105601  chr6  NT_167244.1  588282-693883    0.94 % in   5 repeats    0.00 % in 0 genes

Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
1  487066  chr15  NT_037852.6  1398804-1885870    1  1       AT_rich (1) 
2  401952  chr6  NT_167244.1  2359393-2761345    2  2       L4 (1)  AluSp (1) 
3  209354  chr6  NT_167244.1  4389012-4598366    7  6       MER57-int (2)  (TTCC)n (1)  AluY (1) 
4  181114  chr6  NT_167244.1  3789527-3970641    3  3       MLT1H-int (1)  MER52D (1)  AluJb (1) 
5  175722  chr6  NT_167244.1  3180285-3356007    2  2       Charlie4a (1)  AluSp (1) 
6  174249  chr6  NT_167247.1  4422003-4596252    6  6       (TTAAA)n (1)  MLT1J (1)  MER11A (1) 
7  165425  chr6  NT_167249.1  2137623-2303048    2  2       L1MC4a (1)  AT_rich (1) 
8  159645  chr6  NT_167248.1  521884-681529    2  2       L1PREC2 (1)  HERVH-int (1) 
9  151120  chr9  NT_008470.19  21693312-21844432    1  1       MIR3 (1) 
10  143260  chr6  NT_167244.1  2894521-3037781    4  4       L1MC5 (1)  AluY (1)  AluSg1 (1) 
11  117623  chr6  NT_167245.1  2606157-2723780    2  2       L2a (1)  L2 (1) 
12  114782  chr6  NT_167247.1  1177598-1292380    1  1       ERV3-16A3_I-int (1) 
13  114583  chr6  NT_167246.1  3261135-3375718    3  2       MIRb (2)  AluSx (1) 
14  110187  chr6  NT_167245.1  136808-246995    4  4       MLT1F (1)  MLT1E2 (1)  LTR12C (1) 
15  106555  chr6  NT_167244.1  1450958-1557513    5  5       L1MA1 (1)  ERV3-16A3_I-int (1)  AT_rich (1) 
16  105601  chr6  NT_167244.1  588282-693883    5  3       L1MA9 (3)  L1PB1 (1)  L1ME3D (1) 

Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
6   174249       chr6  NT_167247.1  4422003-4596252    LOC100507722  hypothetical_protein_LOC100507722


Posfai@neb.com
May 11, 2011