Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  MnlI               Longest uncut segments
Specificity:  CCTC               Repeats in uncut segments
Number of sites:  27225476               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  105 base pairs
Standard deviation:  141 base pairs
Site density9514.9 per megabase               Help

Distribution of closely spaced sites
Distribution of sites within 7 STD distance

 Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   401421  chr6  NT_167244.1  2359928-2761349    0.01 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
2   207968  chr6  NT_167244.1  4389938-4597906    0.05 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
3   180604  chr6  NT_167244.1  3790005-3970609    0.15 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
4   175096  chr6  NT_167244.1  3180286-3355382    0.05 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
5   172329  chr6  NT_167247.1  4422077-4594406    0.09 % in   2 repeats    100.00 % in 1 genes
6   159347  chr6  NT_167248.1  521885-681232    0.02 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
7   150211  chr9  NT_008470.19  21693263-21843474    0.00 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
8   142891  chr6  NT_167244.1  2894617-3037508    0.05 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
9   117611  chr6  NT_167245.1  2606155-2723766    0.10 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
10   108297  chr6  NT_167245.1  138030-246327    0.36 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
11   104806  chr6  NT_167244.1  588274-693080    0.19 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
12   104724  chr6  NT_167244.1  1451552-1556276    0.13 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
13   104033  chr6  NT_167244.1  1833691-1937724    0.04 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
14   103194  chr6  NT_167244.1  3491037-3594231    0.03 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
15   100328  chr7  NT_007933.15  68187281-68287609    0.24 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
16   100172  chr1  NT_167185.1  38142-138314    0.10 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes

Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
1  401421  chr6  NT_167244.1  2359928-2761349    1  1       AluSp (1) 
2  207968  chr6  NT_167244.1  4389938-4597906    2  2       AluSg/x (1)  AluJo (1) 
3  180604  chr6  NT_167244.1  3790005-3970609    2  2       MER52D (1)  AluJb (1) 
4  175096  chr6  NT_167244.1  3180286-3355382    1  1       AluSp (1) 
5  172329  chr6  NT_167247.1  4422077-4594406    2  2       MER11A (1)  AluSc (1) 
6  159347  chr6  NT_167248.1  521885-681232    2  2       L1PREC2 (1)  HERVH-int (1) 
7  150211  chr9  NT_008470.19  21693263-21843474    1  1       L1M5 (1) 
8  142891  chr6  NT_167244.1  2894617-3037508    2  2       AluY (1)  AluSg1 (1) 
9  117611  chr6  NT_167245.1  2606155-2723766    2  2       L2a (1)  L2 (1) 
10  108297  chr6  NT_167245.1  138030-246327    3  3       MLT1F (1)  MLT1E2 (1)  LTR12C (1) 
11  104806  chr6  NT_167244.1  588274-693080    2  2       L1ME3D (1)  L1MA9 (1) 
12  104724  chr6  NT_167244.1  1451552-1556276    2  2       ERV3-16A3_I-int (1)  AluSg1 (1) 
13  104033  chr6  NT_167244.1  1833691-1937724    1  1       AluSx (1) 
14  103194  chr6  NT_167244.1  3491037-3594231    2  2       LTR78B (1)  AluS (1) 
15  100328  chr7  NT_007933.15  68187281-68287609    1  1       L1PB1 (1) 
16  100172  chr1  NT_167185.1  38142-138314    1  1       AluSg (1) 

Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
5   172329       chr6  NT_167247.1  4422077-4594406    LOC100507722  hypothetical_protein_LOC100507722


Posfai@neb.com
May 11, 2011