Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  StyI               Longest uncut segments
Specificity:  CCWWGG               Repeats in uncut segments
Number of sites:  3089206               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  926 base pairs
Standard deviation:  1055 base pairs
Site density1079.6 per megabase               Help

Distribution of closely spaced sites
Distribution of sites within 7 STD distance

 Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   488897  chr15  NT_037852.6  1397762-1886659    0.05 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
2   401595  chr6  NT_167244.1  2359922-2761517    0.01 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
3   208884  chr6  NT_167244.1  4389192-4598076    0.48 % in   6 repeats    0.00 % in 0 genes
4   185565  chr6  NT_167244.1  3785039-3970604    0.99 % in   10 repeats    1.32 % in 1 genes
5   176789  chr6  NT_167244.1  3179311-3356100    0.26 % in   6 repeats    0.52 % in 1 genes
6   174462  chr6  NT_167247.1  4421407-4595869    0.80 % in   6 repeats    100.00 % in 1 genes
7   166208  chr6  NT_167247.1  1561942-1728150    0.56 % in   6 repeats    0.61 % in 1 genes
8   165367  chr6  NT_167249.1  2138201-2303568    0.21 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
9   160440  chr7  NT_023603.5  33545-193985    100.00 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
10   159867  chr6  NT_167248.1  521825-681692    0.35 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
11   151186  chr9  NT_008470.19  21693226-21844412    0.07 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
12   146493  chr6  NT_167244.1  2894517-3041010    2.03 % in   18 repeats    0.00 % in 0 genes
13   118747  chr6  NT_167245.1  2604881-2723628    1.06 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
14   116371  chr6  NT_167247.1  1177118-1293489    0.47 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
15   114831  chr6  NT_167246.1  3260719-3375550    0.41 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
16   108014  chr6  NT_167245.1  138047-246061    0.10 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes

Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
1  488897  chr15  NT_037852.6  1397762-1886659    3  3       MIRc (1)  MIRb (1)  AT_rich (1) 
2  401595  chr6  NT_167244.1  2359922-2761517    1  1       AluSp (1) 
3  208884  chr6  NT_167244.1  4389192-4598076    6  5       MER57-int (2)  (TTCC)n (1)  AluY (1) 
4  185565  chr6  NT_167244.1  3785039-3970604    10  8       AT_rich (2)  AluJb (2)  MIR (1) 
5  176789  chr6  NT_167244.1  3179311-3356100    6  4       GC_rich (3)  Charlie4a (1)  (CCG)n (1) 
6  174462  chr6  NT_167247.1  4421407-4595869    6  6       (TTAAA)n (1)  MIR (1)  MER11A (1) 
7  166208  chr6  NT_167247.1  1561942-1728150    6  5       MIR (2)  L1MC3 (1)  (GGAA)n (1) 
8  165367  chr6  NT_167249.1  2138201-2303568    3  3       L1MB8 (1)  AT_rich (1)  AluSx (1) 
9  160440  chr7  NT_023603.5  33545-193985    1  1       ALR/Alpha (1) 
10  159867  chr6  NT_167248.1  521825-681692    2  2       L1PREC2 (1)  HERVH-int (1) 
11  151186  chr9  NT_008470.19  21693226-21844412    2  2       MIR3 (1)  L1M5 (1) 
12  146493  chr6  NT_167244.1  2894517-3041010    18  9       L1MC5 (6)  L2c (2)  AluY (2) 
13  118747  chr6  NT_167245.1  2604881-2723628    3  3       MER5B (1)  MER5A1 (1)  L2a (1) 
14  116371  chr6  NT_167247.1  1177118-1293489    1  1       ERV3-16A3_I-int (1) 
15  114831  chr6  NT_167246.1  3260719-3375550    3  2       MIRb (2)  AluSx (1) 
16  108014  chr6  NT_167245.1  138047-246061    2  2       MLT1E2 (1)  LTR12C (1) 

Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
4   185565       chr6  NT_167244.1  3785039-3970604    HLA-DRB3  major_histocompatibility_complex,_class_II,_DR_beta_3_precursor
5   176789       chr6  NT_167244.1  3179311-3356100    EHMT2  histone-lysine_N-methyltransferase,_H3_lysine-9_specific_3_isoform_b
6   174462       chr6  NT_167247.1  4421407-4595869    LOC100507722  hypothetical_protein_LOC100507722
7   166208       chr6  NT_167247.1  1561942-1728150    LOC100421582  tripartite_motif-containing_protein_26


Posfai@neb.com
May 11, 2011