Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  XhoII               Longest uncut segments
Specificity:  RGATCY               Repeats in uncut segments
Number of sites:  2140821               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  1336 base pairs
Standard deviation:  1393 base pairs
Site density 748.2 per megabase               Help


Distribution of closely spaced sites

Distribution of sites within 7 STD distance


Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   487247  chr15  NT_037852.6  1398193-1885440    0.01 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
2   401644  chr6  NT_167244.1  2359727-2761371    0.06 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
3   210109  chr6  NT_167244.1  4388763-4598872    1.04 % in   9 repeats    0.00 % in 0 genes
4   188603  chr6  NT_167244.1  3786199-3974802    2.34 % in   21 repeats    0.69 % in 1 genes
5   176666  chr6  NT_167244.1  3179402-3356068    0.26 % in   6 repeats    0.47 % in 1 genes
6   175451  chr6  NT_167247.1  4420604-4596055    1.14 % in   9 repeats    100.00 % in 1 genes
7   165307  chr6  NT_167249.1  2137827-2303134    0.13 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
8   165106  chr6  NT_167247.1  1562751-1727857    0.39 % in   4 repeats    0.12 % in 1 genes
9   159410  chr6  NT_167248.1  521862-681272    0.06 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
10   158287  chr6  NT_167244.1  2006667-2164954    1.07 % in   7 repeats    0.00 % in 0 genes
11   157111  chr9  NT_008470.19  21689423-21846534    2.47 % in   13 repeats    0.00 % in 0 genes
12   144859  chr6  NT_167244.1  2893355-3038214    0.79 % in   8 repeats    0.00 % in 0 genes
13   117952  chr6  NT_167245.1  2605714-2723666    0.44 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
14   116510  chr6  NT_167246.1  3261068-3377578    1.80 % in   13 repeats    0.00 % in 0 genes
15   115391  chr6  NT_167247.1  1177382-1292773    0.25 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
16   111581  chr6  NT_167245.1  137012-248593    2.72 % in   9 repeats    0.00 % in 0 genes


Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
487247  chr15  NT_037852.6  1398193-1885440    1       AT_rich (1) 
401644  chr6  NT_167244.1  2359727-2761371    1       AluSp (1) 
210109  chr6  NT_167244.1  4388763-4598872    7       MER57-int (2)  AluSx (2)  (TTCC)n (1) 
188603  chr6  NT_167244.1  3786199-3974802    21  18       MLT1H-int (2)  L2a (2)  AT_rich (2) 
176666  chr6  NT_167244.1  3179402-3356068    4       GC_rich (3)  Charlie4a (1)  (CCG)n (1) 
175451  chr6  NT_167247.1  4420604-4596055    9       (TTAAA)n (1)  MIR (1)  MER11A (1) 
165307  chr6  NT_167249.1  2137827-2303134    2       L1MC4a (1)  AT_rich (1) 
165106  chr6  NT_167247.1  1562751-1727857    3       MIR (2)  (GGAA)n (1)  AluSq (1) 
159410  chr6  NT_167248.1  521862-681272    2       L1PREC2 (1)  HERVH-int (1) 
10  158287  chr6  NT_167244.1  2006667-2164954    5       AluSx (3)  MIRb (1)  MIR (1) 
11  157111  chr9  NT_008470.19  21689423-21846534    13  10       LTR67B (2)  L2 (2)  L1M4b (2) 
12  144859  chr6  NT_167244.1  2893355-3038214    7       AluJo (2)  (TCC)n (1)  L1MC5 (1) 
13  117952  chr6  NT_167245.1  2605714-2723666    1       L2a (1) 
14  116510  chr6  NT_167246.1  3261068-3377578    13  9       AluSx (3)  MIRb (2)  L1MC5 (2) 
15  115391  chr6  NT_167247.1  1177382-1292773    1       ERV3-16A3_I-int (1) 
16  111581  chr6  NT_167245.1  137012-248593    8       L2c (2)  (TTTC)n (1)  MLT1F (1) 


Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
4   188603       chr6  NT_167244.1  3786199-3974802    HLA-DRB3  major_histocompatibility_complex,_class_II,_DR_beta_3_precursor
5   176666       chr6  NT_167244.1  3179402-3356068    EHMT2  histone-lysine_N-methyltransferase,_H3_lysine-9_specific_3_isoform_b
6   175451       chr6  NT_167247.1  4420604-4596055    LOC100507722  hypothetical_protein_LOC100507722
8   165106       chr6  NT_167247.1  1562751-1727857    LOC100421582  tripartite_motif-containing_protein_26



Posfai@neb.com
May 11, 2011