Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  XmaI               Longest uncut segments
Specificity:  CCCGGG               Repeats in uncut segments
Number of sites:  374643               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  7637 base pairs
Standard deviation:  12676 base pairs
Site density 130.9 per megabase               Help


Distribution of closely spaced sites

Distribution of sites within 7 STD distance


Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   508114  chr15  NT_037852.6  1397344-1905458    1.37 % in   37 repeats    1.96 % in 1 genes
2   474953  chrY  NT_011875.12  8416752-8891705    80.54 % in   264 repeats    11.58 % in 3 genes
3   409073  chr6  NT_167244.1  2357702-2766775    0.95 % in   16 repeats    0.00 % in 0 genes
4   295092  chrX  NT_011669.17  1-295093    99.69 % in   47 repeats    0.00 % in 0 genes
5   289140  chr12  NT_029419.12  131094-420234    99.41 % in   61 repeats    0.00 % in 0 genes
6   262638  chr2  NT_022184.15  32053961-32316599    52.61 % in   416 repeats    0.00 % in 0 genes
7   257009  chr11  NT_167190.1  84421-341430    97.50 % in   82 repeats    2.33 % in 1 genes
8   253119  chr10  NT_033985.7  1-253120    69.48 % in   207 repeats    6.64 % in 29 genes
9   249087  chr6  NT_167248.1  472378-721465    20.22 % in   123 repeats    0.00 % in 0 genes
10   246333  chr10  NT_030059.13  8964943-9211276    53.30 % in   367 repeats    0.00 % in 0 genes
11   241230  chr19  NT_011109.16  1-241231    99.80 % in   61 repeats    0.00 % in 0 genes
12   240349  chr9  NT_008470.19  5408275-5648624    52.12 % in   383 repeats    0.00 % in 0 genes
13   237256  chrY  NT_011875.12  5496985-5734241    59.63 % in   420 repeats    0.00 % in 0 genes
14   234408  chr6  NT_007299.13  175309-409717    58.31 % in   183 repeats    0.00 % in 0 genes
15   228860  chr5  NT_006576.16  45886942-46115802    92.87 % in   108 repeats    0.00 % in 0 genes
16   225427  chr11  NT_009237.18  48622203-48847630    96.88 % in   50 repeats    0.00 % in 0 genes


Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
508114  chr15  NT_037852.6  1397344-1905458    37  24       AT_rich (5)  (TA)n (3)  L2a (3) 
474953  chrY  NT_011875.12  8416752-8891705    264  95       LTR12B (17)  AT_rich (17)  L1PA16 (11) 
409073  chr6  NT_167244.1  2357702-2766775    16  11       AluY (3)  LTR84b (2)  L4 (2) 
295092  chrX  NT_011669.17  1-295093    47  15       ALR/Alpha (24)  L1PA3 (4)  L1PA2 (4) 
289140  chr12  NT_029419.12  131094-420234    61  19       ALR/Alpha (29)  L1PA3 (10)  AluY (3) 
262638  chr2  NT_022184.15  32053961-32316599    416  154       AT_rich (34)  L2a (17)  AluSx (15) 
257009  chr11  NT_167190.1  84421-341430    82  19       ALR/Alpha (45)  L1PA4 (6)  L1PA3 (4) 
253119  chr10  NT_033985.7  1-253120    207  43       ALR/Alpha (21)  HSATII (20)  (GAATG)n (17) 
249087  chr6  NT_167248.1  472378-721465    123  78       AT_rich (15)  MIR (4)  (TA)n (3) 
10  246333  chr10  NT_030059.13  8964943-9211276    367  162       AT_rich (46)  MIR (18)  (TA)n (12) 
11  241230  chr19  NT_011109.16  1-241231    61  12       ALR/Alpha (33)  L1PA3 (13)  L1PA4 (3) 
12  240349  chr9  NT_008470.19  5408275-5648624    383  153       AT_rich (36)  MIR (18)  MIRb (14) 
13  237256  chrY  NT_011875.12  5496985-5734241    420  162       AT_rich (33)  AluJo (20)  AluSx (17) 
14  234408  chr6  NT_007299.13  175309-409717    183  92       ALR/Alpha (16)  AT_rich (13)  L1PA3 (6) 
15  228860  chr5  NT_006576.16  45886942-46115802    108  39       ALR/Alpha (32)  AT_rich (11)  L1PA3 (5) 
16  225427  chr11  NT_009237.18  48622203-48847630    50  11       ALR/Alpha (26)  L1PA4 (5)  L1PA2 (4) 


Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
1   508114       chr15  NT_037852.6  1397344-1905458    LOC100418897 
2   474953       chrY  NT_011875.12  8416752-8891705    ZNF884P 
ZNF885P 
TTTY10  testis-specific_transcript,_Y-linked_10_(non-protein_coding)
7   257009       chr11  NT_167190.1  84421-341430    TRIM48  tripartite_motif-containing_protein_48
8   253119       chr10  NT_033985.7  1-253120    LOC100506968 
LOC100506743 
LOC100506987 
LOC100507020  hypothetical_protein_LOC100507020
LOC100507045 
LOC100507078 
LOC100507104 
LOC100507129 
LOC100507154  hypothetical_protein_LOC100507154
LOC100507189 
LOC100507216 
LOC100507234 
LOC100507262 
LOC100507287 
LOC100507320 
LOC100507339  hypothetical_protein_LOC100507339
LOC100507366 
LOC100507385 
LOC100507409 
LOC100507432 
LOC100507451 
LOC100507471 
LOC100507491  hypothetical_protein_LOC100507491
LOC100507517 
LOC100507542  hypothetical_protein_LOC100507542
LOC100507565 
LOC100507597 
LOC100506770 
LOC100507622 



Posfai@neb.com
May 11, 2011