Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  NlaIII               Longest uncut segments
Specificity:  CATG               Repeats in uncut segments
Number of sites:  13693207               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  208 base pairs
Standard deviation:  224 base pairs
Site density4785.6 per megabase               Help

Distribution of closely spaced sites
Distribution of sites within 7 STD distance

 Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   486712  chr15  NT_037852.6  1398673-1885385    0.01 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
2   401414  chr6  NT_167244.1  2359873-2761287    0.03 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
3   207975  chr6  NT_167244.1  4389934-4597909    0.05 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
4   180771  chr6  NT_167244.1  3790058-3970829    0.24 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
5   174992  chr6  NT_167244.1  3180309-3355301    0.00 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
6   172249  chr6  NT_167247.1  4422057-4594306    0.03 % in   1 repeats    100.00 % in 1 genes
7   165278  chr6  NT_167249.1  2138321-2303599    0.23 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
8   160553  chr6  NT_167248.1  521205-681758    0.77 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
9   143928  chr6  NT_167244.1  2894630-3038558    0.72 % in   7 repeats    0.00 % in 0 genes
10   117641  chr6  NT_167245.1  2605977-2723618    0.22 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
11   114921  chr6  NT_167247.1  1177305-1292226    0.31 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
12   108441  chr6  NT_167245.1  137782-246223    0.50 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
13   105261  chr6  NT_167244.1  588194-693455    0.55 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
14   104774  chr6  NT_167244.1  1451505-1556279    0.18 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
15   103912  chr6  NT_167244.1  1833777-1937689    0.01 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
16   103658  chr6  NT_167244.1  3490988-3594646    0.48 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes

Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
1  486712  chr15  NT_037852.6  1398673-1885385    1  1       AT_rich (1) 
2  401414  chr6  NT_167244.1  2359873-2761287    1  1       AluSp (1) 
3  207975  chr6  NT_167244.1  4389934-4597909    2  2       AluSg/x (1)  AluJo (1) 
4  180771  chr6  NT_167244.1  3790058-3970829    3  3       MLT1H-int (1)  MER52D (1)  AluJb (1) 
5  174992  chr6  NT_167244.1  3180309-3355301    1  1       AluSp (1) 
6  172249  chr6  NT_167247.1  4422057-4594306    1  1       AluSc (1) 
7  165278  chr6  NT_167249.1  2138321-2303599    3  3       L1MB8 (1)  AT_rich (1)  AluSx (1) 
8  160553  chr6  NT_167248.1  521205-681758    2  2       L1PREC2 (1)  HERVH-int (1) 
9  143928  chr6  NT_167244.1  2894630-3038558    7  5       L1MC5 (2)  AluJo (2)  AluY (1) 
10  117641  chr6  NT_167245.1  2605977-2723618    1  1       L2a (1) 
11  114921  chr6  NT_167247.1  1177305-1292226    1  1       ERV3-16A3_I-int (1) 
12  108441  chr6  NT_167245.1  137782-246223    2  2       MLT1E2 (1)  LTR12C (1) 
13  105261  chr6  NT_167244.1  588194-693455    3  3       L1PB1 (1)  L1ME3D (1)  L1MA9 (1) 
14  104774  chr6  NT_167244.1  1451505-1556279    2  2       ERV3-16A3_I-int (1)  AluSg1 (1) 
15  103912  chr6  NT_167244.1  1833777-1937689    1  1       AluSx (1) 
16  103658  chr6  NT_167244.1  3490988-3594646    2  2       LTR78B (1)  AluS (1) 

Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
6   172249       chr6  NT_167247.1  4422057-4594306    LOC100507722  hypothetical_protein_LOC100507722


Posfai@neb.com
May 11, 2011