Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  XveI               Longest uncut segments
Specificity:  CTGCAG               Repeats in uncut segments
Number of sites:  1295568               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  2208 base pairs
Standard deviation:  2696 base pairs
Site density 452.8 per megabase               Help


Distribution of closely spaced sites

Distribution of sites within 7 STD distance


Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   492986  chr15  NT_037852.6  1396459-1889445    0.60 % in   14 repeats    0.00 % in 0 genes
2   404611  chr6  NT_167244.1  2359234-2763845    0.17 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
3   210209  chr6  NT_167244.1  4388718-4598927    1.09 % in   9 repeats    0.00 % in 0 genes
4   181223  chr6  NT_167244.1  3790311-3971534    0.51 % in   5 repeats    0.00 % in 0 genes
5   176438  chr6  NT_167244.1  3180190-3356628    0.26 % in   5 repeats    0.27 % in 2 genes
6   174279  chr6  NT_167249.1  2135730-2310009    3.90 % in   33 repeats    0.00 % in 0 genes
7   172619  chr6  NT_167247.1  4422156-4594775    0.30 % in   2 repeats    100.00 % in 1 genes
8   168054  chr6  NT_167247.1  1561147-1729201    1.21 % in   9 repeats    1.07 % in 1 genes
9   161358  chr6  NT_167248.1  520506-681864    1.27 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
10   158306  chr6  NT_167244.1  2007962-2166268    0.74 % in   5 repeats    0.00 % in 0 genes
11   152269  chr9  NT_008470.19  21692612-21844881    0.68 % in   5 repeats    0.00 % in 0 genes
12   144888  chr6  NT_167244.1  2892863-3037751    0.74 % in   8 repeats    0.00 % in 0 genes
13   120725  chr6  NT_167245.1  2603486-2724211    2.30 % in   8 repeats    0.00 % in 0 genes
14   116297  chr6  NT_167247.1  1176898-1293195    0.66 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
15   114847  chr6  NT_167246.1  3259833-3374680    0.16 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
16   113926  chr6  NT_167244.1  583907-697833    6.34 % in   26 repeats    0.00 % in 0 genes


Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
492986  chr15  NT_037852.6  1396459-1889445    14  12       L2a (3)  (TA)n (1)  MLT1L (1) 
404611  chr6  NT_167244.1  2359234-2763845    3       L4 (1)  L1MEg (1)  AluSp (1) 
210209  chr6  NT_167244.1  4388718-4598927    7       MER57-int (2)  AluSx (2)  (TTCC)n (1) 
181223  chr6  NT_167244.1  3790311-3971534    5       MLT1H-int (1)  MER52D (1)  LTR19B (1) 
176438  chr6  NT_167244.1  3180190-3356628    5       GC_rich (1)  Charlie4a (1)  (CCG)n (1) 
174279  chr6  NT_167249.1  2135730-2310009    33  17       Charlie2b (6)  AluSx (5)  L1MB8 (3) 
172619  chr6  NT_167247.1  4422156-4594775    2       MER11A (1)  AluSc (1) 
168054  chr6  NT_167247.1  1561147-1729201    7       MIR (2)  L1MEe (2)  MIRc (1) 
161358  chr6  NT_167248.1  520506-681864    2       L1PREC2 (1)  HERVH-int (1) 
10  158306  chr6  NT_167244.1  2007962-2166268    4       AluSx (2)  MIRb (1)  MIR (1) 
11  152269  chr9  NT_008470.19  21692612-21844881    4       L2 (2)  MIR3 (1)  LTR67B (1) 
12  144888  chr6  NT_167244.1  2892863-3037751    7       AluY (2)  (TCC)n (1)  MER21C (1) 
13  120725  chr6  NT_167245.1  2603486-2724211    7       MLT1N2 (2)  MLT1E2 (1)  MER5B (1) 
14  116297  chr6  NT_167247.1  1176898-1293195    1       ERV3-16A3_I-int (1) 
15  114847  chr6  NT_167246.1  3259833-3374680    1       MIR3 (1) 
16  113926  chr6  NT_167244.1  583907-697833    26  20       L1MA9 (3)  L1M5 (3)  L1MC5 (2) 


Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
5   176438       chr6  NT_167244.1  3180190-3356628    EHMT2  histone-lysine_N-methyltransferase,_H3_lysine-9_specific_3_isoform_b
TNXB  tenascin-X_isoform_1_precursor
7   172619       chr6  NT_167247.1  4422156-4594775    LOC100507722  hypothetical_protein_LOC100507722
8   168054       chr6  NT_167247.1  1561147-1729201    LOC100421582  tripartite_motif-containing_protein_26



Posfai@neb.com
May 11, 2011