Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  Bsp1286I               Longest uncut segments
Specificity:  GDGCHC               Repeats in uncut segments
Number of sites:  4802385               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  595 base pairs
Standard deviation:  780 base pairs
Site density1678.4 per megabase               Help

Distribution of closely spaced sites
Distribution of sites within 7 STD distance

 Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   487849  chr15  NT_037852.6  1398572-1886421    0.01 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
2   401657  chr6  NT_167244.1  2359617-2761274    0.08 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
3   209613  chr6  NT_167244.1  4388443-4598056    0.83 % in   6 repeats    0.00 % in 0 genes
4   183265  chr6  NT_167244.1  3787380-3970645    0.48 % in   7 repeats    0.06 % in 1 genes
5   175288  chr6  NT_167244.1  3180070-3355358    0.09 % in   4 repeats    0.09 % in 1 genes
6   172681  chr6  NT_167247.1  4421972-4594653    0.23 % in   2 repeats    100.00 % in 1 genes
7   167601  chr6  NT_167249.1  2137109-2304710    1.15 % in   10 repeats    0.00 % in 0 genes
8   164304  chr6  NT_167247.1  1562927-1727231    0.01 % in   1 repeats    0.02 % in 1 genes
9   159612  chr6  NT_167248.1  521723-681335    0.19 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
10   150999  chr9  NT_008470.19  21692627-21843626    0.42 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
11   144045  chr6  NT_167244.1  2893724-3037769    0.48 % in   6 repeats    0.00 % in 0 genes
12   118918  chr6  NT_167245.1  2605188-2724106    1.17 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
13   115927  chr6  NT_167247.1  1176334-1292261    1.15 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
14   114764  chr6  NT_167246.1  3260337-3375101    0.48 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
15   109585  chr6  NT_167245.1  137961-247546    1.37 % in   6 repeats    0.00 % in 0 genes
16   108296  chr6  NT_167244.1  1449453-1557749    2.11 % in   8 repeats    0.00 % in 0 genes

Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
1  487849  chr15  NT_037852.6  1398572-1886421    1  1       AT_rich (1) 
2  401657  chr6  NT_167244.1  2359617-2761274    1  1       AluSp (1) 
3  209613  chr6  NT_167244.1  4388443-4598056    6  5       MER57-int (2)  (TTCC)n (1)  AluY (1) 
4  183265  chr6  NT_167244.1  3787380-3970645    7  6       AT_rich (2)  MLT1H-int (1)  MIR (1) 
5  175288  chr6  NT_167244.1  3180070-3355358    4  3       GC_rich (2)  (CCG)n (1)  AluSp (1) 
6  172681  chr6  NT_167247.1  4421972-4594653    2  2       MER11A (1)  AluSc (1) 
7  167601  chr6  NT_167249.1  2137109-2304710    10  6       L1MB8 (3)  AluSx (3)  L1MC4a (1) 
8  164304  chr6  NT_167247.1  1562927-1727231    1  1       MIR (1) 
9  159612  chr6  NT_167248.1  521723-681335    2  2       L1PREC2 (1)  HERVH-int (1) 
10  150999  chr9  NT_008470.19  21692627-21843626    3  3       MIR3 (1)  LTR67B (1)  L1M5 (1) 
11  144045  chr6  NT_167244.1  2893724-3037769    6  6       (TCC)n (1)  L1MC5 (1)  AluY (1) 
12  118918  chr6  NT_167245.1  2605188-2724106    3  3       MLT1E2 (1)  L2a (1)  L2 (1) 
13  115927  chr6  NT_167247.1  1176334-1292261    1  1       ERV3-16A3_I-int (1) 
14  114764  chr6  NT_167246.1  3260337-3375101    3  3       MIRb (1)  MIR3 (1)  AluSx (1) 
15  109585  chr6  NT_167245.1  137961-247546    6  6       MLT1F (1)  MLT1E2 (1)  LTR12C (1) 
16  108296  chr6  NT_167244.1  1449453-1557749    8  8       L1MA1 (1)  ERV3-16A3_I-int (1)  AT_rich (1) 

Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
4   183265       chr6  NT_167244.1  3787380-3970645    HLA-DRB3  major_histocompatibility_complex,_class_II,_DR_beta_3_precursor
5   175288       chr6  NT_167244.1  3180070-3355358    EHMT2  histone-lysine_N-methyltransferase,_H3_lysine-9_specific_3_isoform_b
6   172681       chr6  NT_167247.1  4421972-4594653    LOC100507722  hypothetical_protein_LOC100507722
8   164304       chr6  NT_167247.1  1562927-1727231    LOC100421582  tripartite_motif-containing_protein_26


Posfai@neb.com
May 11, 2011