Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  Lsp1109I               Longest uncut segments
Specificity:  GCAGC               Repeats in uncut segments
Number of sites:  5198818               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  550 base pairs
Standard deviation:  745 base pairs
Site density1816.9 per megabase               Help

Distribution of closely spaced sites
Distribution of sites within 7 STD distance

 Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   488699  chr15  NT_037852.6  1398224-1886923    0.01 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
2   401730  chr6  NT_167244.1  2359600-2761330    0.08 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
3   208957  chr6  NT_167244.1  4389972-4598929    0.50 % in   5 repeats    0.00 % in 0 genes
4   180708  chr6  NT_167244.1  3790040-3970748    0.20 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
5   175496  chr6  NT_167244.1  3180192-3355688    0.22 % in   4 repeats    0.02 % in 1 genes
6   172439  chr6  NT_167247.1  4422046-4594485    0.13 % in   2 repeats    100.00 % in 1 genes
7   166736  chr6  NT_167249.1  2137910-2304646    0.71 % in   8 repeats    0.00 % in 0 genes
8   164379  chr6  NT_167247.1  1562840-1727219    0.01 % in   1 repeats    0.07 % in 1 genes
9   159644  chr6  NT_167248.1  521813-681457    0.21 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
10   150775  chr9  NT_008470.19  21692611-21843386    0.43 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
11   143843  chr6  NT_167244.1  2893910-3037753    0.45 % in   5 repeats    0.00 % in 0 genes
12   118267  chr6  NT_167245.1  2605443-2723710    0.67 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
13   117094  chr10  NT_008705.16  38712144-38829238    26.46 % in   212 repeats    0.00 % in 0 genes
14   115426  chr6  NT_167247.1  1177533-1292959    0.11 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
15   114378  chr6  NT_167246.1  3261178-3375556    0.41 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
16   107996  chr6  NT_167245.1  137980-245976    0.09 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes

Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
1  488699  chr15  NT_037852.6  1398224-1886923    1  1       AT_rich (1) 
2  401730  chr6  NT_167244.1  2359600-2761330    1  1       AluSp (1) 
3  208957  chr6  NT_167244.1  4389972-4598929    5  4       AluSx (2)  L1MC (1)  AluSg/x (1) 
4  180708  chr6  NT_167244.1  3790040-3970748    3  3       MLT1H-int (1)  MER52D (1)  AluJb (1) 
5  175496  chr6  NT_167244.1  3180192-3355688    4  4       GC_rich (1)  Charlie4a (1)  (CCG)n (1) 
6  172439  chr6  NT_167247.1  4422046-4594485    2  2       MER11A (1)  AluSc (1) 
7  166736  chr6  NT_167249.1  2137910-2304646    8  4       L1MB8 (3)  AluSx (3)  L1MC4a (1) 
8  164379  chr6  NT_167247.1  1562840-1727219    1  1       MIR (1) 
9  159644  chr6  NT_167248.1  521813-681457    2  2       L1PREC2 (1)  HERVH-int (1) 
10  150775  chr9  NT_008470.19  21692611-21843386    2  2       LTR67B (1)  L1M5 (1) 
11  143843  chr6  NT_167244.1  2893910-3037753    5  5       L1MC5 (1)  AluY (1)  AluSg1 (1) 
12  118267  chr6  NT_167245.1  2605443-2723710    1  1       L2a (1) 
13  117094  chr10  NT_008705.16  38712144-38829238    212  27       GA-rich (24)  (GAATG)n (22)  (AAATG)n (22) 
14  115426  chr6  NT_167247.1  1177533-1292959    1  1       ERV3-16A3_I-int (1) 
15  114378  chr6  NT_167246.1  3261178-3375556    3  2       MIRb (2)  AluSx (1) 
16  107996  chr6  NT_167245.1  137980-245976    2  2       MLT1E2 (1)  LTR12C (1) 

Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
5   175496       chr6  NT_167244.1  3180192-3355688    EHMT2  histone-lysine_N-methyltransferase,_H3_lysine-9_specific_3_isoform_b
6   172439       chr6  NT_167247.1  4422046-4594485    LOC100507722  hypothetical_protein_LOC100507722
8   164379       chr6  NT_167247.1  1562840-1727219    LOC100421582  tripartite_motif-containing_protein_26


Posfai@neb.com
May 11, 2011