Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  XbaI               Longest uncut segments
Specificity:  TCTAGA               Repeats in uncut segments
Number of sites:  799219               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  3580 base pairs
Standard deviation:  3831 base pairs
Site density 279.3 per megabase               Help


Distribution of closely spaced sites

Distribution of sites within 7 STD distance


Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   490044  chr15  NT_037852.6  1398728-1888772    0.26 % in   7 repeats    0.00 % in 0 genes
2   405852  chr6  NT_167244.1  2357025-2762877    0.60 % in   10 repeats    0.00 % in 0 genes
3   249554  chr6  NT_167244.1  3172652-3422206    5.72 % in   71 repeats    8.03 % in 2 genes
4   208757  chr6  NT_167244.1  4389675-4598432    0.40 % in   5 repeats    0.00 % in 0 genes
5   187974  chr6  NT_167244.1  3788046-3976020    2.50 % in   22 repeats    0.00 % in 0 genes
6   180090  chr6  NT_167247.1  4415653-4595743    1.37 % in   11 repeats    99.19 % in 1 genes
7   177709  chr6  NT_167247.1  1550145-1727854    4.46 % in   40 repeats    7.21 % in 1 genes
8   173459  chr6  NT_167249.1  2131195-2304654    3.56 % in   27 repeats    0.00 % in 0 genes
9   164684  chr4  NT_006316.16  392999-557683    5.36 % in   59 repeats    0.00 % in 0 genes
10   163349  chr6  NT_167246.1  3245146-3408495    10.28 % in   88 repeats    0.00 % in 0 genes
11   162412  chr6  NT_167248.1  520097-682509    1.91 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
12   159651  chr6  NT_167244.1  2007234-2166885    0.91 % in   7 repeats    0.00 % in 0 genes
13   152066  chr9  NT_008470.19  21693102-21845168    0.36 % in   4 repeats    0.00 % in 0 genes
14   146957  chr6  NT_167244.1  2891593-3038550    2.08 % in   14 repeats    0.00 % in 0 genes
15   146269  chr7  NT_023603.5  41109-187378    100.00 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
16   132040  chr6  NT_167244.1  1817664-1949704    11.68 % in   68 repeats    0.00 % in 0 genes


Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
490044  chr15  NT_037852.6  1398728-1888772    5       L2a (3)  (TA)n (1)  MLT1L (1) 
405852  chr6  NT_167244.1  2357025-2762877    10  8       L4 (2)  AluJb (2)  MER8 (1) 
249554  chr6  NT_167244.1  3172652-3422206    71  28       AluSx (12)  MIR (4)  L1MC5 (4) 
208757  chr6  NT_167244.1  4389675-4598432    5       (TTCC)n (1)  MER57-int (1)  AluSx (1) 
187974  chr6  NT_167244.1  3788046-3976020    22  18       L2a (3)  MLT1H-int (2)  AT_rich (2) 
180090  chr6  NT_167247.1  4415653-4595743    11  11       (TTAAA)n (1)  MIRc (1)  MIRb (1) 
177709  chr6  NT_167247.1  1550145-1727854    40  26       MIRc (3)  MIR3 (3)  L2c (3) 
173459  chr6  NT_167249.1  2131195-2304654    27  15       AluSx (5)  L1MB8 (3)  AluJo (3) 
164684  chr4  NT_006316.16  392999-557683    59  7       (CA)n (46)  L1M4 (7)  L1PA10 (2) 
10  163349  chr6  NT_167246.1  3245146-3408495    88  38       AluSx (15)  MIR (6)  MIRb (5) 
11  162412  chr6  NT_167248.1  520097-682509    2       L1PREC2 (1)  HERVH-int (1) 
12  159651  chr6  NT_167244.1  2007234-2166885    6       AluSx (2)  MIRb (1)  MIR (1) 
13  152066  chr9  NT_008470.19  21693102-21845168    3       L2 (2)  MIR3 (1)  L1M5 (1) 
14  146957  chr6  NT_167244.1  2891593-3038550    14  10       AluJo (3)  L1MC5 (2)  AluY (2) 
15  146269  chr7  NT_023603.5  41109-187378    1       ALR/Alpha (1) 
16  132040  chr6  NT_167244.1  1817664-1949704    68  26       AluSx (9)  L1MC4 (8)  L2c (6) 


Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
3   249554       chr6  NT_167244.1  3172652-3422206    EHMT2  histone-lysine_N-methyltransferase,_H3_lysine-9_specific_3_isoform_b
TNXB  tenascin-X_isoform_1_precursor
6   180090       chr6  NT_167247.1  4415653-4595743    LOC100507722  hypothetical_protein_LOC100507722
7   177709       chr6  NT_167247.1  1550145-1727854    LOC100421582  tripartite_motif-containing_protein_26



Posfai@neb.com
May 11, 2011