Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  NmeDI               Longest uncut segments
Specificity:  RCCGGY               Repeats in uncut segments
Number of sites:  325552               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  8789 base pairs
Standard deviation:  13646 base pairs
Site density 113.8 per megabase               Help


Distribution of closely spaced sites

Distribution of sites within 7 STD distance


Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   508279  chr15  NT_037852.6  1396122-1904401    1.37 % in   38 repeats    1.96 % in 1 genes
2   417263  chr6  NT_167244.1  2349580-2766843    2.20 % in   40 repeats    0.00 % in 0 genes
3   235987  chr8  NT_008183.19  30057396-30293383    45.22 % in   378 repeats    0.00 % in 0 genes
4   233721  chr4  NT_016354.19  68026044-68259765    54.62 % in   358 repeats    100.00 % in 1 genes
5   226810  chr3  NT_005612.16  81004945-81231755    51.64 % in   375 repeats    70.32 % in 1 genes
6   225523  chr9  NT_008470.19  12439274-12664797    56.12 % in   340 repeats    0.19 % in 1 genes
7   222185  chr6  NT_167244.1  4376620-4598805    3.82 % in   23 repeats    3.16 % in 1 genes
8   216418  chr13  NT_024524.14  45760658-45977076    54.13 % in   344 repeats    0.00 % in 0 genes
9   212326  chrX  NT_011786.16  8168217-8380543    45.36 % in   330 repeats    0.00 % in 0 genes
10   212321  chr2  NT_005403.17  31310680-31523001    60.57 % in   318 repeats    0.00 % in 0 genes
11   209051  chr5  NT_006576.16  45915991-46125042    94.23 % in   87 repeats    0.00 % in 0 genes
12   203967  chr8  NT_008046.16  18106342-18310309    51.71 % in   322 repeats    0.00 % in 0 genes
13   201739  chr7  NT_023603.5  39771-241510    99.97 % in   10 repeats    0.00 % in 0 genes
14   201049  chr9  NT_008413.18  13034782-13235831    33.77 % in   313 repeats    0.00 % in 0 genes
15   197047  chr6  NT_167248.1  514292-711339    11.52 % in   45 repeats    0.00 % in 0 genes
16   195782  chr11  NT_167190.1  34160572-34356354    54.08 % in   361 repeats    0.00 % in 0 genes


Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
508279  chr15  NT_037852.6  1396122-1904401    38  26       AT_rich (5)  (TA)n (3)  L2a (3) 
417263  chr6  NT_167244.1  2349580-2766843    40  27       AluJb (4)  L1ME4a (3)  AluY (3) 
235987  chr8  NT_008183.19  30057396-30293383    378  135       AT_rich (53)  (TA)n (19)  L2a (18) 
233721  chr4  NT_016354.19  68026044-68259765    358  147       AT_rich (25)  L2c (14)  MIR (13) 
226810  chr3  NT_005612.16  81004945-81231755    375  125       AT_rich (36)  L2a (21)  MIRb (19) 
225523  chr9  NT_008470.19  12439274-12664797    340  124       AT_rich (29)  L2a (27)  AluY (10) 
222185  chr6  NT_167244.1  4376620-4598805    23  16       MER57-int (3)  HUERS-P3-int (3)  AluSx (3) 
216418  chr13  NT_024524.14  45760658-45977076    344  142       AT_rich (43)  L2a (12)  MIR (9) 
212326  chrX  NT_011786.16  8168217-8380543    330  116       AT_rich (27)  L2c (23)  L2a (22) 
10  212321  chr2  NT_005403.17  31310680-31523001    318  132       AT_rich (22)  L2a (15)  MIR (13) 
11  209051  chr5  NT_006576.16  45915991-46125042    87  29       ALR/Alpha (29)  AT_rich (8)  L1PA4 (5) 
12  203967  chr8  NT_008046.16  18106342-18310309    322  115       AT_rich (45)  AluSx (15)  L1ME2 (13) 
13  201739  chr7  NT_023603.5  39771-241510    10  4       ALR/Alpha (6)  L1PA2 (2)  L1PA3 (1) 
14  201049  chr9  NT_008413.18  13034782-13235831    313  106       AT_rich (37)  MIRb (20)  MIR (14) 
15  197047  chr6  NT_167248.1  514292-711339    45  31       AT_rich (7)  L2c (3)  L2b (3) 
16  195782  chr11  NT_167190.1  34160572-34356354    361  123       MIRb (30)  AT_rich (26)  MIR (19) 


Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
1   508279       chr15  NT_037852.6  1396122-1904401    LOC100418897 
4   233721       chr4  NT_016354.19  68026044-68259765    LOC100130178  type_II_inositol-3,4-bisphosphate_4-phosphatase
5   226810       chr3  NT_005612.16  81004945-81231755    UBE2V1P2  inactive_N-acetylated-alpha-linked_acidic_dipeptidase-like_protein_2
6   225523       chr9  NT_008470.19  12439274-12664797    RPS19P6 
7   222185       chr6  NT_167244.1  4376620-4598805    HLA-DPB2  major_histocompatibility_complex,_class_II,_DP_beta_2_(pseudogene)



Posfai@neb.com
May 11, 2011