Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  MslI               Longest uncut segments
Specificity:  CAYNNNNRTG               Repeats in uncut segments
Number of sites:  3233384               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  884 base pairs
Standard deviation:  949 base pairs
Site density1130.0 per megabase               Help

Distribution of closely spaced sites
Distribution of sites within 7 STD distance

 Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   490187  chr15  NT_037852.6  1396698-1886885    0.18 % in   6 repeats    0.00 % in 0 genes
2   402372  chr6  NT_167244.1  2359092-2761464    0.14 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
3   209675  chr6  NT_167244.1  4389083-4598758    0.84 % in   9 repeats    0.00 % in 0 genes
4   184138  chr6  NT_167244.1  3788289-3972427    1.23 % in   12 repeats    0.00 % in 0 genes
5   181119  chr6  NT_167244.1  3175915-3357034    1.75 % in   26 repeats    2.85 % in 2 genes
6   173632  chr6  NT_167247.1  4421100-4594732    0.36 % in   4 repeats    100.00 % in 1 genes
7   166858  chr6  NT_167247.1  1560948-1727806    0.98 % in   7 repeats    1.20 % in 1 genes
8   165922  chr6  NT_167249.1  2138158-2304080    0.49 % in   7 repeats    0.00 % in 0 genes
9   160208  chr6  NT_167248.1  521447-681655    0.56 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
10   151769  chr9  NT_008470.19  21692544-21844313    0.48 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
11   145265  chr6  NT_167244.1  2894099-3039364    1.41 % in   11 repeats    0.00 % in 0 genes
12   118435  chr6  NT_167245.1  2605254-2723689    0.83 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
13   115982  chr6  NT_167246.1  3259541-3375523    0.56 % in   4 repeats    0.00 % in 0 genes
14   115132  chr6  NT_167247.1  1177314-1292446    0.30 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
15   110403  chr6  NT_167245.1  136183-246586    2.26 % in   5 repeats    0.00 % in 0 genes
16   106815  chr6  NT_167244.1  1449458-1556273    0.77 % in   5 repeats    0.00 % in 0 genes

Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
1  490187  chr15  NT_037852.6  1396698-1886885    6  6       MIRc (1)  MIRb (1)  L1M3 (1) 
2  402372  chr6  NT_167244.1  2359092-2761464    3  3       L4 (1)  AluSp (1)  AluJb (1) 
3  209675  chr6  NT_167244.1  4389083-4598758    9  7       MER57-int (2)  AluSx (2)  (TTCC)n (1) 
4  184138  chr6  NT_167244.1  3788289-3972427    12  10       MLT1H-int (2)  AT_rich (2)  MLT1H (1) 
5  181119  chr6  NT_167244.1  3175915-3357034    26  16       AluSx (5)  L1MB3 (3)  GC_rich (3) 
6  173632  chr6  NT_167247.1  4421100-4594732    4  4       MIR (1)  MER11A (1)  L2b (1) 
7  166858  chr6  NT_167247.1  1560948-1727806    7  6       MIR (2)  MIRc (1)  L1MC3 (1) 
8  165922  chr6  NT_167249.1  2138158-2304080    7  3       L1MB8 (3)  AluSx (3)  AT_rich (1) 
9  160208  chr6  NT_167248.1  521447-681655    2  2       L1PREC2 (1)  HERVH-int (1) 
10  151769  chr9  NT_008470.19  21692544-21844313    3  3       MIR3 (1)  LTR67B (1)  L1M5 (1) 
11  145265  chr6  NT_167244.1  2894099-3039364    11  6       L1MC5 (3)  AluSc (3)  AluJo (2) 
12  118435  chr6  NT_167245.1  2605254-2723689    1  1       L2a (1) 
13  115982  chr6  NT_167246.1  3259541-3375523    4  3       MIRb (2)  MIR3 (1)  AluSx (1) 
14  115132  chr6  NT_167247.1  1177314-1292446    1  1       ERV3-16A3_I-int (1) 
15  110403  chr6  NT_167245.1  136183-246586    5  5       MLT1F (1)  MLT1E2 (1)  MER6 (1) 
16  106815  chr6  NT_167244.1  1449458-1556273    5  5       ERV3-16A3_I-int (1)  AluY (1)  AluSq (1) 

Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
5   181119       chr6  NT_167244.1  3175915-3357034    EHMT2  histone-lysine_N-methyltransferase,_H3_lysine-9_specific_3_isoform_b
TNXB  tenascin-X_isoform_1_precursor
6   173632       chr6  NT_167247.1  4421100-4594732    LOC100507722  hypothetical_protein_LOC100507722
7   166858       chr6  NT_167247.1  1560948-1727806    LOC100421582  tripartite_motif-containing_protein_26


Posfai@neb.com
May 11, 2011