Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  NmeAIII               Longest uncut segments
Specificity:  GCCGAG               Repeats in uncut segments
Number of sites:  780019               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  3668 base pairs
Standard deviation:  5946 base pairs
Site density 272.6 per megabase               Help

Distribution of closely spaced sites
Distribution of sites within 7 STD distance

 Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   494307  chr15  NT_037852.6  1397368-1891675    0.79 % in   18 repeats    0.00 % in 0 genes
2   405555  chr6  NT_167244.1  2358770-2764325    0.31 % in   6 repeats    0.00 % in 0 genes
3   304982  chrY  NT_011875.12  8410406-8715388    82.52 % in   32 repeats    0.00 % in 0 genes
4   259291  chr7  NT_007933.15  236615-495906    98.64 % in   58 repeats    0.00 % in 0 genes
5   239058  chr11  NT_009237.18  50336672-50575730    99.79 % in   58 repeats    0.00 % in 0 genes
6   208829  chr6  NT_167244.1  4389892-4598721    0.44 % in   5 repeats    0.00 % in 0 genes
7   208562  chr6  NT_167248.1  479234-687796    14.94 % in   60 repeats    0.93 % in 2 genes
8   192453  chr5  NT_006576.16  45894739-46087192    99.15 % in   64 repeats    0.00 % in 0 genes
9   187747  chr7  NT_077528.2  213666-401413    56.63 % in   114 repeats    0.00 % in 0 genes
10   186511  chr6  NT_167244.1  3784662-3971173    1.46 % in   14 repeats    0.00 % in 0 genes
11   175201  chr6  NT_167244.1  3180232-3355433    0.09 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
12   173559  chr6  NT_167247.1  4421808-4595367    0.64 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
13   167810  chr6  NT_167247.1  1559582-1727392    1.18 % in   9 repeats    0.00 % in 0 genes
14   167515  chr6  NT_167249.1  2136205-2303720    1.11 % in   11 repeats    0.00 % in 0 genes
15   167171  chr8  NT_167187.1  31492265-31659436    99.86 % in   41 repeats    0.00 % in 0 genes
16   161116  chrX  NT_011669.17  132344-293460    99.79 % in   33 repeats    0.00 % in 0 genes

Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
1  494307  chr15  NT_037852.6  1397368-1891675    18  15       L2a (3)  L1M5 (2)  U2 (1) 
2  405555  chr6  NT_167244.1  2358770-2764325    6  5       AluJb (2)  L4 (1)  L1MEg (1) 
3  304982  chrY  NT_011875.12  8410406-8715388    32  11       LTR12B (17)  L1PA7 (3)  AluY (3) 
4  259291  chr7  NT_007933.15  236615-495906    58  16       ALR/Alpha (33)  AluY (4)  L1PA4 (3) 
5  239058  chr11  NT_009237.18  50336672-50575730    58  14       ALR/Alpha (25)  L1PA4 (7)  MER11C (6) 
6  208829  chr6  NT_167244.1  4389892-4598721    5  4       AluSx (2)  L1MC (1)  AluSg/x (1) 
7  208562  chr6  NT_167248.1  479234-687796    60  42       AT_rich (8)  (TA)n (3)  ERV3-16A3_I-int (3) 
8  192453  chr5  NT_006576.16  45894739-46087192    64  19       ALR/Alpha (31)  L1PA3 (5)  L1PA2 (4) 
9  187747  chr7  NT_077528.2  213666-401413    114  45       ALR/Alpha (12)  (CGAAT)n (10)  AT_rich (10) 
10  186511  chr6  NT_167244.1  3784662-3971173    14  10       L2a (2)  AT_rich (2)  AluSc (2) 
11  175201  chr6  NT_167244.1  3180232-3355433    2  2       GC_rich (1)  AluSp (1) 
12  173559  chr6  NT_167247.1  4421808-4595367    2  2       MER11A (1)  AluSc (1) 
13  167810  chr6  NT_167247.1  1559582-1727392    9  8       Tigger7 (2)  MIRc (1)  MIR (1) 
14  167515  chr6  NT_167249.1  2136205-2303720    11  8       AluSx (3)  L1MB8 (2)  MLT1A (1) 
15  167171  chr8  NT_167187.1  31492265-31659436    41  12       ALR/Alpha (22)  L1PA2 (4)  MER11C (2) 
16  161116  chrX  NT_011669.17  132344-293460    33  14       ALR/Alpha (16)  MER11D (2)  L1PA3 (2) 

Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
7   208562       chr6  NT_167248.1  479234-687796    OR2H4P 
OR2G1P 


Posfai@neb.com
May 11, 2011