Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  HpyCH4III               Longest uncut segments
Specificity:  ACNGT               Repeats in uncut segments
Number of sites:  7538733               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  379 base pairs
Standard deviation:  392 base pairs
Site density2634.7 per megabase               Help

Distribution of closely spaced sites
Distribution of sites within 7 STD distance

 Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   486926  chr15  NT_037852.6  1398508-1885434    0.01 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
2   401285  chr6  NT_167244.1  2359961-2761246    0.00 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
3   208870  chr6  NT_167244.1  4389732-4598602    0.45 % in   6 repeats    0.00 % in 0 genes
4   180603  chr6  NT_167244.1  3790189-3970792    0.15 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
5   176089  chr6  NT_167244.1  3179425-3355514    0.20 % in   6 repeats    0.45 % in 1 genes
6   173928  chr6  NT_167247.1  4421180-4595108    0.55 % in   3 repeats    100.00 % in 1 genes
7   165378  chr6  NT_167249.1  2138476-2303854    0.35 % in   4 repeats    0.00 % in 0 genes
8   159632  chr6  NT_167248.1  521754-681386    0.20 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
9   151466  chr9  NT_008470.19  21692467-21843933    0.48 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
10   143708  chr6  NT_167244.1  2893916-3037624    0.36 % in   4 repeats    0.00 % in 0 genes
11   118147  chr6  NT_167245.1  2605761-2723908    0.52 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
12   115313  chr6  NT_167247.1  1177444-1292757    0.19 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
13   114136  chr6  NT_167246.1  3260962-3375098    0.33 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
14   109065  chr6  NT_167245.1  137046-246111    1.06 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
15   106211  chr6  NT_167244.1  587109-693320    1.06 % in   6 repeats    0.00 % in 0 genes
16   105288  chr6  NT_167244.1  1833396-1938684    0.86 % in   5 repeats    0.00 % in 0 genes

Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
1  486926  chr15  NT_037852.6  1398508-1885434    1  1       AT_rich (1) 
2  401285  chr6  NT_167244.1  2359961-2761246    1  1       AluSp (1) 
3  208870  chr6  NT_167244.1  4389732-4598602    6  6       (TTCC)n (1)  MER57-int (1)  L1MC (1) 
4  180603  chr6  NT_167244.1  3790189-3970792    2  2       MLT1H-int (1)  MER52D (1) 
5  176089  chr6  NT_167244.1  3179425-3355514    6  4       GC_rich (3)  Charlie4a (1)  (CCG)n (1) 
6  173928  chr6  NT_167247.1  4421180-4595108    3  3       MIR (1)  MER11A (1)  AluSc (1) 
7  165378  chr6  NT_167249.1  2138476-2303854    4  2       L1MB8 (2)  AluSx (2) 
8  159632  chr6  NT_167248.1  521754-681386    2  2       L1PREC2 (1)  HERVH-int (1) 
9  151466  chr9  NT_008470.19  21692467-21843933    3  3       MIR3 (1)  LTR67B (1)  L1M5 (1) 
10  143708  chr6  NT_167244.1  2893916-3037624    4  4       L1MC5 (1)  AluY (1)  AluSg1 (1) 
11  118147  chr6  NT_167245.1  2605761-2723908    3  3       MLT1E2 (1)  L2a (1)  L2 (1) 
12  115313  chr6  NT_167247.1  1177444-1292757    1  1       ERV3-16A3_I-int (1) 
13  114136  chr6  NT_167246.1  3260962-3375098    2  2       MIRb (1)  AluSx (1) 
14  109065  chr6  NT_167245.1  137046-246111    2  2       MLT1E2 (1)  LTR12C (1) 
15  106211  chr6  NT_167244.1  587109-693320    6  6       MIR (1)  MER77 (1)  L1PB1 (1) 
16  105288  chr6  NT_167244.1  1833396-1938684    5  4       AluSx (2)  (TATG)n (1)  MIR (1) 

Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
5   176089       chr6  NT_167244.1  3179425-3355514    EHMT2  histone-lysine_N-methyltransferase,_H3_lysine-9_specific_3_isoform_b
6   173928       chr6  NT_167247.1  4421180-4595108    LOC100507722  hypothetical_protein_LOC100507722


Posfai@neb.com
May 11, 2011