Distribution of restriction sites in the human genome

Enzyme:  TspDTI               Longest uncut segments
Specificity:  ATGAA               Repeats in uncut segments
Number of sites:  10365591               Genes in uncut segments
Mean distance between sites:  276 base pairs
Standard deviation:  337 base pairs
Site density3622.6 per megabase               Help

Distribution of closely spaced sites
Distribution of sites within 7 STD distance

 Help
Longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeat content Gene content
1   402322  chr6  NT_167244.1  2359552-2761874    0.08 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
2   209562  chr6  NT_167244.1  4389347-4598909    0.78 % in   9 repeats    0.00 % in 0 genes
3   181478  chr6  NT_167244.1  3789831-3971309    0.51 % in   6 repeats    0.00 % in 0 genes
4   176347  chr6  NT_167244.1  3179357-3355704    0.26 % in   6 repeats    0.49 % in 1 genes
5   172945  chr6  NT_167247.1  4422114-4595059    0.47 % in   2 repeats    100.00 % in 1 genes
6   165138  chr6  NT_167247.1  1561952-1727090    0.15 % in   2 repeats    0.61 % in 1 genes
7   164940  chr6  NT_167249.1  2138319-2303259    0.03 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
8   162196  chr6  NT_167248.1  519457-681653    1.78 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
9   158216  chr6  NT_167244.1  2006814-2165030    0.98 % in   6 repeats    0.00 % in 0 genes
10   150139  chr9  NT_008470.19  21693221-21843360    0.03 % in   1 repeats    0.00 % in 0 genes
11   144827  chr6  NT_167244.1  2893863-3038690    1.05 % in   9 repeats    0.00 % in 0 genes
12   121531  chr6  NT_167245.1  2602793-2724324    2.90 % in   9 repeats    0.00 % in 0 genes
13   114357  chr6  NT_167246.1  3260648-3375005    0.25 % in   2 repeats    0.00 % in 0 genes
14   109529  chr6  NT_167245.1  136924-246453    1.48 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
15   105263  chr6  NT_167244.1  1451313-1556576    0.63 % in   3 repeats    0.00 % in 0 genes
16   105202  chr6  NT_167244.1  3489180-3594382    1.94 % in   9 repeats    0.00 % in 0 genes

Help
Repeats in longest uncut segments
# Length  Chr  Scaffold  Coordinates  Repeats
Total  Distinct    Most  Second  Third 
1  402322  chr6  NT_167244.1  2359552-2761874    1  1       AluSp (1) 
2  209562  chr6  NT_167244.1  4389347-4598909    9  7       MER57-int (2)  AluSx (2)  (TTCC)n (1) 
3  181478  chr6  NT_167244.1  3789831-3971309    6  6       MLT1H-int (1)  MER52D (1)  LTR19B (1) 
4  176347  chr6  NT_167244.1  3179357-3355704    6  4       GC_rich (3)  Charlie4a (1)  (CCG)n (1) 
5  172945  chr6  NT_167247.1  4422114-4595059    2  2       MER11A (1)  AluSc (1) 
6  165138  chr6  NT_167247.1  1561952-1727090    2  2       L1MC3 (1)  A-rich (1) 
7  164940  chr6  NT_167249.1  2138319-2303259    1  1       AT_rich (1) 
8  162196  chr6  NT_167248.1  519457-681653    2  2       L1PREC2 (1)  HERVH-int (1) 
9  158216  chr6  NT_167244.1  2006814-2165030    6  4       AluSx (3)  MIRb (1)  MIR (1) 
10  150139  chr9  NT_008470.19  21693221-21843360    1  1       L1M5 (1) 
11  144827  chr6  NT_167244.1  2893863-3038690    9  6       L1MC5 (2)  AluSc (2)  AluJo (2) 
12  121531  chr6  NT_167245.1  2602793-2724324    9  8       MLT1N2 (2)  MLT1E2 (1)  MER5B (1) 
13  114357  chr6  NT_167246.1  3260648-3375005    2  2       MIRb (1)  AluSx (1) 
14  109529  chr6  NT_167245.1  136924-246453    3  3       MLT1F (1)  MLT1E2 (1)  LTR12C (1) 
15  105263  chr6  NT_167244.1  1451313-1556576    3  3       ERV3-16A3_I-int (1)  AluY (1)  AluSg1 (1) 
16  105202  chr6  NT_167244.1  3489180-3594382    9  5       L1M2 (4)  AluSg (2)  LTR78B (1) 

Help
Genes in longest uncut segments
Sgmnt   Length (bp)  Chr  Scaffold  Coordinates  Gene symbol  Gene function 
4   176347       chr6  NT_167244.1  3179357-3355704    EHMT2  histone-lysine_N-methyltransferase,_H3_lysine-9_specific_3_isoform_b
5   172945       chr6  NT_167247.1  4422114-4595059    LOC100507722  hypothetical_protein_LOC100507722
6   165138       chr6  NT_167247.1  1561952-1727090    LOC100421582  tripartite_motif-containing_protein_26


Posfai@neb.com
May 11, 2011