Expected fragment lengths in PROTOZOA

    For prototype restriction enzymes, recognition sites are counted, and the count is divided by genome length.
    Expected fragment lengths are listed in base pair units, while genome sizes in million base pair units.
    More on restriction enzymes in REBASE. For more detail contact me at New England Biolabs Posfai@neb.com.

Enzyme     Specificity      Cryptosporidium parvum    Dictyostelium discoideum    Leishmania major    Plasmodium falciparum    Theileria parva    Trypanosoma brucei       9.1 M bp 34.0 M bp 32.8 M bp 23.3 M bp 4.6 M bp 26.1 M bp     AclI    AACGTT   9250    8090    9828    6265    3957    4033     HindIII    AAGCTT   1823    7831    9093    7092    3743    4667     SspI    AATATT   387    377    34471    273    641    2117     MluCI    AATT   59    45    1735    65    72    237     PciI    ACATGT   5105    6090    4559    2525    3458    3329     AgeI    ACCGGT   15720    39096    6395    96959    15587    6478     BspMI    ACCTGC   7746    7132    1290    14635    4796    2196     SexAI    ACCWGGT   21569    9654    14042    43906    9194    15098     MluI    ACGCGT   75225    354308    2585    136083    32744    5758     BceAI    ACGGC   6154    12869    267    14672    2065    566     MaeII    ACGT   1119    1392    272    883    503    323     HpyCH4III    ACNGT   682    960    350    1146    306    268     AflIII    ACRYGT   2952    4227    784    1878    1830    1031     SpeI    ACTAGT   5550    9575    30842    11491    3667    11119     BsrI    ACTGG   963    1322    731    3931    560    637     BfiI    ACTGGG   6307    22072    3534    28979    2992    3029     BglII    AGATCT   2742    6426    11438    9026    5431    10864     AfeI    AGCGCT   26537    125976    2326    144536    17573    4601     AluI    AGCT   288    971    245    914    391    333     StuI    AGGCCT   14379    109368    6087    56895    7888    10430     ScaI    AGTACT   4139    8094    8963    7463    3165    6603     ClaI    ATCGAT   6916    3943    6952    8761    6330    7028     TspDTI    ATGAA   179    172    729    134    241    322     AvaIII    ATGCAT   2409    5279    4727    2821    7002    3330     AseI    ATTAAT   477    353    80040    455    761    4112     SwaI    ATTTAAAT   4194    1774    1312671    2720    5007    40616     MfeI    CAATTG   2214    1187    31524    7560    2934    4457     BssSI    CACGAG   15170    22001    1196    36531    6980    2426     BmgBIA    CACGTC   16732    28800    1196    25404    6234    2649     PmlI    CACGTG   35417    25009    2041    36190    16857    3539     PvuII    CAGCTG   9111    15252    1382    26264    6012    2927     BtsIMutIA    CAGTG   1621    1968    376    3717    600    397     TspRI    CASTG   1621    1968    376    3717    600    397     NdeI    CATATG   4620    4512    10023    1762    4878    3655     CviAII FatI NlaIII    CATG   413    696    228    448    417    260     BspNCI    CCAGA   619    1192    711    2482    543    846     BccI    CCATC   757    643    363    1523    763    469     NcoI    CCATGG   11033    14648    4333    24572    8397    5241     BseYIA    CCCAGC   10771    37667    1581    56481    6634    3014     FauI    CCCGC   4653    33087    312    34992    4602    673     SmaI XmaI    CCCGGG   128201    336768    8554    684420    32052    12399     BscGI    CCCGT   6268    21021    581    12404    1961    755     AciI    CCGC   1151    3369    58    4920    787    131     SacII    CCGCGG   325083    1259762    1859    802424    82754    5321     BsrBI    CCGCTC   20593    61065    942    111341    11238    2166     HpaII    CCGG   2646    9180    277    10808    1318    493     ScrFI SsoII    CCNGG   1382    2981    361    5483    708    589     BtgI    CCRYGG   8274    11909    667    19311    4269    1246                  Cryptosporidium parvum    Dictyostelium discoideum    Leishmania major    Plasmodium falciparum    Theileria parva    Trypanosoma brucei     BcnI    CCSGG   10215    36811    766    39109    3288    1286     AvrII    CCTAGG   39065    163526    29942    46540    14922    32553     MnlI    CCTC   244    517    65    599    181    104     BbvCIA    CCTCAGC   25354    101837    3693    116351    12893    5802     SbfI    CCTGCAGG   337123    971816    29779    2327030    227574    65352     Bpu10IA    CCTNAGC   6843    41429    2181    23017    4020    2824     Bsu36I    CCTNAGG   18963    88118    10938    27280    5918    7183     Hin4II    CCTTC   665    1348    276    1162    574    299     BstNI EcoRII    CCWGG   1598    3243    684    6377    903    1089     StyI    CCWWGG   2940    5968    1384    7406    1947    1816     PvuI    CGATCG   57976    64419    4197    108233    42938    10253     FnuDII    CGCG   5434    27320    114    18294    3603    364     EagI    CGGCCG   379263    409802    1992    775676    61506    6881     RsrII    CGGWCCG   535430    872143    12501    2908788    119776    22556     BsiEI    CGRYCG   31495    36184    748    61399    13876    1993     BsiWI    CGTACG   130033    216647    3596    73873    26931    6112     Esp3I    CGTCTC   10192    37709    1013    31110    7294    2543     Hpy99I    CGWCG   9481    11111    221    10758    2099    675     MspA1I    CMGCKG   6752    9893    346    18751    3485    806     SgrAI    CRCCGGYG   159689    548606    3242    802424    79850    16185     BfaIA    CTAG   540    1695    1061    1331    516    875     XhoI    CTCGAG   17437    74591    2843    109765    10025    7022     CatHI    CTCTTC   1224    2389    716    2641    1550    960     PstI    CTGCAG   8677    28703    1252    38654    7860    2203     DdeI    CTNAG   429    2020    475    1141    315    426     SfeI    CTRYAG   1873    4331    893    3713    1395    1135     AflII    CTTAAG   4403    25383    31985    6710    5108    8328     SmlI    CTYRAG   1236    3562    1248    3833    1176    1442     AvaI    CYCGRG   10024    40015    1205    55142    4013    2229     MboII    GAAGA   217    370    273    299    310    272     BbsIA    GAAGAC   2832    9060    1294    5052    2562    1967     BsmI    GAATGC   2600    6191    2379    7508    4368    1901     EcoRI    GAATTC   1897    3573    13307    5840    3094    5288     HgaI    GACGC   5735    19260    253    15003    2629    676     AatII ZraI    GACGTC   46204    111886    2959    72044    13709    7247     SacI    GAGCTC   7942    55216    2825    52767    10609    5943     MlyI PleI    GAGTC   1124    3586    668    6594    778    873     HinfI    GANTC   281    453    425    900    267    404     BstSEI    GASTC   1124    3586    668    6594    778    873     EcoRV    GATATC   4181    4274    9953    6255    4003    5345     BspKT6I MboI    GATC   361    494    426    808    433    489     TfiI    GAWTC   375    519    1171    1043    407    755     BsrDIB    GCAATG   2700    4191    2007    10914    4115    1586     BbvI R1.BceSIV    GCAGC   1536    2578    121    5064    1847    302     PenI    GCAGT   1208    2156    373    4445    920    404     BtsIA    GCAGTG   8178    12606    872    31617    4440    1252     BscAI SfaNI    GCATC   1036    1544    307    2356    1329    459     SphI    GCATGC   4672    62755    1895    26323    28270    3935                  Cryptosporidium parvum    Dictyostelium discoideum    Leishmania major    Plasmodium falciparum    Theileria parva    Trypanosoma brucei     NaeI    GCCGGC   76490    523286    1503    861863    51721    6561     AsiSI    GCGATCGC   1300332    3092144    33114    11635152    1137873    120719     HhaI HinP1I    GCGC   1856    10288    91    10477    2225    291     McaTI NmeM395I    GCGCGC   29457    680271    892    528870    182059    5426     NotI    GCGGCCGC   3034108    11337863    9362    3878384    4551493    48467     BthCI Fnu4HI    GCNGC   1261    2189    65    4307    1309    179     AspCNI    GCSGC   7050    14523    142    28835    4493    443     NheI    GCTAGC   22927    146610    7387    26117    42537    10290     SapI    GCTCTTC   7585    42200    2884    28907    12469    5248     BlpI    GCTNAGC   15045    122792    2906    96557    16733    6022     TseI    GCWGC   1536    2578    121    5064    1847    302     Bsp1286I    GDGCHC   2491    5869    293    5681    1780    583     AlwI    GGATC   884    1396    1007    2429    882    909     BamHI    GGATCC   10733    23265    10997    28764    7675    7083     FokI StsI    GGATG   751    1285    412    1307    754    465     HaeIII    GGCC   1523    4514    229    7101    912    479            0    0    0    0    0    0     KasI NarI    GGCGCC   7720    185866    1483    261464    30753    5368     AscI    GGCGCGCC   700178    11337863    16760    23270305    1137873    99524     EciI    GGCGGA   12929    62068    955    58615    9012    2169     ApaI    GGGCCC   53859    263671    5695    177635    42537    9319     Eco47II    GGNCC   1749    3013    349    3231    902    526     KpnI    GGTACC   10308    13860    7892    23600    8702    6551     Eco31I    GGTCTC   8828    15747    2726    25942    6044    3958     HphI    GGTGA   1136    518    368    1665    642    410     BstEII    GGTNACC   28896    17587    6446    36190    12040    6643     AvaII    GGWCC   2786    3615    925    3850    1355    1022     HgiCI    GGYRCC   3602    6827    544    13818    3847    1155     BaeGI    GKGCMC   10426    14345    623    12260    5591    1272     BsaHI    GRCGYC   5405    41837    477    34628    4630    1473     BanII    GRGCYC   4585    27743    1030    25487    4183    1859     CviQI PabI RsaI    GTAC   598    699    333    571    368    332     BstZ17I    GTATAC   7793    9864    11312    4415    4137    5899     BciVI    GTATCC   4399    7804    4542    6042    3054    3430     SalI    GTCGAC   55842    81960    2587    75308    12401    7118     BsmAI    GTCTC   1200    3406    441    4146    1157    734     ApaLI    GTGCAC   34091    23249    1478    19424    18061    3413     AccI    GTMKAC   3589    5565    1325    3045    1858    1905     Tsp45I    GTSAC   2406    2918    492    3323    960    538     HpaI    GTTAAC   6958    9971    30988    8099    2682    5531     PmeI    GTTTAAAC   50012    49223    800409    92710    27254    73245     HindII    GTYRAC   2836    3238    1309    4218    1084    1307     BsiHKAI    GWGCWC   3829    7719    490    7617    3154    1041     ApoI    RAATTY   210    176    4799    271    263    823     NspI    RCATGY   1380    3265    686    1576    1978    898     Cfr10I NmeDI    RCCGGY   7867    20090    655    47201    6330    1598     XhoII    RGATCY   1113    2553    2544    3551    1569    2073     HaeII    RGCGCY   4539    35541    428    49093    5598    1179                  Cryptosporidium parvum    Dictyostelium discoideum    Leishmania major    Plasmodium falciparum    Theileria parva    Trypanosoma brucei     CviJI    RGCY   145    472    61    518    143    99     EcoO109I    RGGNCCY   8506    29732    1683    7034    3927    2241     PpuMI    RGGWCCY   13326    38004    4345    7845    5503    4406     SnaBI    TACGTA   10874    22782    13022    6446    6823    6758     BspHI    TCATGA   3886    5417    5391    3909    4042    4570     AccIII    TCCGGA   16950    132865    11434    61237    11852    7877     EsaBC3I TaqI    TCGA   626    846    247    1043    483    401     NruI    TCGCGA   55842    197753    3620    165037    42143    7209     Hpy188I    TCNGA   290    664    464    844    272    402     XbaI    TCTAGA   3103    11251    24041    11075    4471    14994     BclI    TGATCA   2520    2528    6816    3166    3626    5746     HpyCH4V    TGCA   271    465    162    545    459    180     FspI    TGCGCA   17640    88346    1388    55804    30546    3273     BalI    TGGCCA   7247    12139    3722    45807    7145    5578     BsrGI    TGTACA   4938    5117    4251    2152    2640    3326     MseI    TTAA   76    57    2255    70    82    277     PacI    TTAATTAA   4338    2286    2983343    4655    6347    51943     PsiI    TTATAA   1008    559    58289    335    924    3779     BstBI    TTCGAA   3772    6354    7922    6102    4952    5266     DraI    TTTAAA   565    241    36625    376    568    2030     PspXI    VCTCGAGB   42336    172657    4318    280365    18653    12060     BsaWI    WCCGGW   5282    18208    1978    20095    3437    1696     BsaAI    YACGTR   3997    6104    931    3419    2712    1181     EaeI    YGGCCR   5615    9260    659    31193    3896    1516

Posfai@neb.com
September 11, 2013